Funtoo Linux jest kontynuacją Gentoo Linux, projektu prowadzonego przez Daniela Robbinsa, który jest twórcą Gentoo.
Różnice pomiędzy Gentoo a Funtoo:
Zasadniczą różnicą pomiędzy obydwoma dystrybucjami jest drzewo Portage, które w Funtoo korzysta z repozytoriów GIT. Drzewo Portage śledzi repozytoria Gentoo codziennnie w celu sprawdzania zmian, jednak obydwa repozytoria różnią się trochę, Funtoo wprowadza drobne zmiany. .

Aktualnie Polska strona Funtoo jest stale rozwijana